1988年(昭和63年) に旧東京天文台の国立天文台への改組を機会に、東京大学における天文学の教育を拡充し、特に観測面での教育・研究の推進を目的に発足。独自の観測装置及び大学共同利用機関における諸大型観測装置を用いた天文学研究を行うと共に、木曽観測所及びアタカマ観測所により大学天文台としての機能を果たす。
